Борис Карлович Пуго родился 19 февраля 1937 г. в Твери в семье партийного (ВКП(б)) чиновника. Латыш.
Отец - Отец: Карл Янович Пуго (1896—1955), участник Гражданской войны - красный «латышский стрелок», в 1930-е годы работал в Москве в НКВД, в конце 1940-х годов первым секретарём Рижского горкома партии.
Окончил Рижский политехнический институт.
С 1961 года на комсомольской работе: секретарь комитета комсомола завода, затем второй и первый секретарь райкома комсомола, заведующий сектором ЦК ЛКСМ, первый секретарь ЦК ЛКСМ, секретарь ЦК ВЛКСМ, инспектор ЦК КПСС, заведующий отделом ЦК Компартии Латвии, первый секретарь Рижского горкома партии.
С 1977 года первый заместитель председателя Комитета государственной безопасности Латвийской ССР. С 1980 года председатель КГБ Латвийской ССР с присвоением воинского звания генерал-майор.
В 1984—1988 годах первый секретарь ЦК Компартии Латвии.
Председатель Комитета партийного контроля при ЦК КПСС (1988—1990).
Член и председатель ЦКК КПСС с июля 1990 по апрель 1991 года.
С 1 декабря 1990 года министр внутренних дел СССР.
4 февраля 1991 года Борису Пуго было присвоено воинское звание генерал-полковника.
С марта 1991 года — член Совета безопасности СССР.
В 1991 году Б. К. Пуго стал членом ГКЧП и одним из организаторов «августовского путча». Непосредственно перед созданием комитета, в августе 1991 года, он отдыхал с семьёй в Крыму. Возвратился в Москву 18 августа. В Москве ему позвонил председатель Комитета государственной безопасности СССР В. А. Крючков и пригласил в Кремль, где был образован ГКЧП.
C 18 по 21 августа 1991 года — член ГКЧП.
После провала и роспуска ГКЧП Прокуратурой СССР в отношении Пуго Б. К. было возбуждено уголовное дело за участие в антиконституционном заговоре.
22 августа на арест Пуго выехали председатель КГБ РСФСР Виктор Иваненко, первый заместитель министра внутренних дел РСФСР Виктор Ерин, заместитель генерального прокурора РСФСР Евгений Лисов и бывший заместитель председателя Совета Министров РСФСР Григорий Явлинский. Они нашли труп Пуго и его жены. По официальной версии Пуго застрелил жену и застрелился сам.
Урны с прахом супругов Пуго захоронены на Троекуровском кладбище, Москва
Жена Валентина Ивановна Пуго (1938—1991), кандидат технических наук, доцент Московского энергетического института. Дети: сын Вадим
Генерал-полковник
Член КПСС с 1963 года. Член ЦК КПСС (1986—1990), кандидат в члены Политбюро ЦК КПСС (сентябрь 1989 — июль 1990). Депутат Совета Национальностей Верховного Совета СССР одиннадцатого созыва (1984—1989) от Латвийской ССР, народный депутат СССР.