Борис Андреевич Губер родился 9 июля 1903 г. в селе Каменка Киевской губернии России (ныне - Черкасская обл. Украины) в семье управляющего имением.
Прадед - глава Московской евангелическо-лютеранской консистории Иоганн Самуэль Губер, приехавший в Россию в 1807 год).
Учился в гимназии, в Вольском кадетском корпусе, стихи писал с 14 лет.
С 1918 году жил в Карачарово (ныне в составе г. Канаково) Тверской губернии, организовал здесь любительский театр.
Участвовал в гражданской войне на стороне красных (1920), после демобилизации — учитель, библиотекарь, разнорабочий.
Значительную роль в приобщении Губера к литературе сыграла Валентина Витальевна Герн, жена директора санатория Карачарово, в салоне которой бывали поэты-символисты; она познакомила Губера с Евгением Замятиным, участниками группы «Серапионовы братья». Встречи в салоне Герн сыграли значительную роль в становлении Губера как поэта и прозаика.
Первое стихотворение Губера было напечатано в журнале «Красный артиллерист» (1921).
В 1922 Губер начал роман «Врид», окончательно перешёл на прозу в 1924. В прозе сказывается влияние И. Бунина.
1922 г. - переехал в Москву и примкнул к литературной группе «Перевал», был близким другом А. К. Воронского. В группу в разное время входили Иван Катаев, Андрей Платонов, Михаил Пришвин и др.
Автор книг «Шарашкина контора» (1924), «Джаир» (1926), «Соседи» (1926), «Известная Шурка Шапкина» (1926), «Неспящие» (1931), «Бабье лето» (1934), «Апрель» (1936) и других.
В середине 1930-х годов Борис Губер и некоторые члены «Перевала» посещали литературный салон Евгении Соломоновны Хаютиной, жены главы НКВД Николая Ежова. Губера и других членов «Перевала» обвинили в попытке убить Ежова. По версии следствия план заключался в том, что когда Ежов придет с работы и пройдет в свою комнату, Губер должен открыть входную дверь убийце.
20 июня 1937 г. - арестован. Тогда же задержали и Александра Воронского, Ивана Катаева, Николая Зарудина. Менее чем через месяц все они были приговорены к расстрелу за «участие в контрреволюционной террористической организации» и казнены в один день — 13 августа 1937 года. Захоронены в общей могиле на Новом Донском кладбище, Москва
Реабилитирован в 1956 году.
Сочинения:
Шарашкина контора. — М.-Л.: ЗИФ, 1926.
Шарашкина конетора. — М., 1927.
Соседи. — М., 1927.
Известная Шурка Шапкина. — М.-Л.: ГИЗ, 1927.
Джаир. — М., 1927.
Бабы придумали. — 1928.
Простая причина. — М.: Федерация, 1928.
Сыновья. — 1930.
(совм. с Г. Глинкой) Эшелон опаздывает. — М.: Федерация, 1932.
Неспящие (сборник очерков о кубанском колхозе). — М.: Федерация, 1931.