Родился в 1891 г. в г. Бежецке в семье священника Иакова Бойкова, был старшим братом священномученика Иакова (Бойкова).
В 1915 г. окончил Тверскую духовную семинарию и поступил псаломщиком в собор в г. Осташкове.
В 1918 г. вернулся в Бежецк, устроился работать учителем.
В 1921 г., после женитьбы, рукоположен в сан священника ко храму села Залужанье Молоковского района Тверской области.
В 1929 г. храм был закрыт. Жена священника Евфросиния Михайловна стала просить его, чтобы он не искал нового места священника и перестал служить. Отец Иоанн отказался, но, чтобы из-за его священства власти не преследовали семью, разрешил жене Евфросинии Михайловне развестись.
В 1929 г. получил место священника на погосте Белом Молоковского района.
1 ноября 1930 г. перешел служить в храм села Бошарова, где жили монахини из многих закрытых монастырей.
Весной 1931 г. был арестован вместе с несколькими прихожанами-крестьянами по обвинению в агитации против колхозов.
20 апреля 1931 г. тройка ОГПУ приговорила о. Иоанна к пяти годам исправительно-трудовых лагерей. Вместе с ним были приговорены к различным срокам заключения и ссылки четверо крестьян.
В 1934 г. о. Иоанн скончался в лагере (предположительно в Вишерском).
Причислен к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года.
Память священномученика Иоанна (Бойкова) празднуется 19 апреля.